Ki Ageng Mangir bukan dibunuh oleh Panembahan Senopati Mataram. Ia dibunuh dengan watu Gatheng,

1. Ki Ageng Mangir diislamkan oleh Ki Juru Mertani dan Roro Sekar Pembayun dalam misi dakwah tingkat tinggi dan demi kemaslahatan Mataram. Pengislaman Ki Ageng Mangir ini dibiaskan oleh beberapa pihak terutama pihak penjajah Belanda melalui para ahli sejarahnya, ini tidak aneh karena ada kepentingan penjajah untuk meredam karakter Panembahan Senopati sebagai salah satu wali penyebar Islam di Jawa. Sebagai contoh Babad Mangir sebagai sumber sejarah tak pernah diketahui siapa penulisnya, Tembok makam dimana (katanya) Mangir dimakamkan adalah dibangun di abad 18 pada saat pemerintahan Hamengkubuwono II /III , siapa yang menulis babad Mangir pastilah mengacu pada model makam yang berada dibawah tembok tersebut,  jadi babad Mangir disosialisasikan oleh penulisnya pada saat atau setelah perang Diponegoro, sama dengan kisah perang Bubat, kira kira antara tahun 1825 - 1835.

2. Gabungan tentara Mangir dibawah Ki Ageng Mangir dan tentara Mataram akan sangat memperkuat kejayaan Mataram, oleh karena itu adipati para penentang Mataram berkolaborasi menciptakan intrik politik untuk memecah kekuatan Mangir Mataram yang telah diikat oleh perkawinan Ki Ageng Mangir - Roro Pembayun. Mereka menggunakan tangan Raden Ronggo untuk menjadi mata mata sekaligus eksekutor bagi Ki Ageng Mangir, tokoh yang kisahnya sengaja dikaburkan.

3. Secara logika Ki Mondoroko atau Ki Juru Mertani adalah murid langsung Kanjeng Sunan Kalijaga, seorang waliyullah besar, Ki Juru Mertani pasti tak akan mengizinkan cucu keponakan kesayangannya menikah dengan seorang yang non Muslim. Panembahan Senopati sudah mengizinkan Ki Ageng Mangir menjadi menantu sekaligus sekutu Mataram yang sangat kuat. Saking dekatnya Ki Ageng Mangir diijinkan masuk kekamar pribadi Panembahan Senopati, ditempat pesalatan Panembahan Senopati, namun ada juga oknum lain yang bisa masuk ke kamar pribadi Senopati yaitu Raden Ronggo yang juga putra Panembahan Senopati,terpicu oleh berita kesaktian Mangir dan dengan sengaja mencobanya raden Ronggo menghantam Ki Ageng Mangir DENGAN WATU GATHENG dari belakang saat Ki Ageng Mangir sedang shalat, ki Ageng Mangir gugur dengan kepala pecah bersimbah darah, adakah yang lebih masuk akal dari cerita ini?

4.Akibat tewasnya Ki Ageng Mangir, Panembahan Senopati murka dan secara rahasia menyuruh beberapa orang kepercayaannya bersama Ki Patih Rogoniti adik ki Ageng Mangir membunuh Raden Ronggo diluar benteng Mataram, dalam suatu perkelahian yang fair Raden Ronggo tewas oleh tusukan tombak naga Baru Klinthing (dalam sejarahnya raden Ronggo wafat setelah melawan seekor Naga). Jejak dan makam Ki Patih Rojoniti tercatat di dusun Cangkring Srandakan Bantul termasuk makam keturunannya Kyai Muntahal di Patihan Srandakan Bantul yang menurunkan Lurah Kerto Pengalasan, salah satu panglima perang Pangeran Diponegoro

5.Berita pembunuhan Ki Ageng Mangir oleh Panembahan Senopati disebarluaskan oleh para musuh Mataram dalam usaha mendiskreditkan reputasi Panembahan Senopati raja Mataram Islam sebagai orang yang kejam, suka ingkar janji, penuh tipu muslihat, padahal kejadian yang sebenarnya adalah sebuah upaya menutup-nutupi sejarah PENGISLAMAN KI AGENG MANGIR OLEH PEMBAYUN DAN KI JURU MERTANI ATAS PERINTAH RESMI PANEMBAHAN SENOPATI,

6.Watu Gilang bukan singgasana kerajaan, tetapi batu pipih tempat peshalatan, adalah aneh mendeskripsikan tempat shalat dan singgasana raja, tidak mungkin singgasana kerajaan berwujud batu pipih setinggi 30 cm, dan sangat tidak akal orang yang duduk bersila membunuh dengan cara membenturkan kepala ketempat duduknya, jadi Ki Ageng Mangir tidak pernah dibenturkan kepalanya disinggasana raja dihadapan para bupati.Oleh karena cerita ini sudah mengandung unsur unsur perpecahan maka oleh para Sejarahwan Belanda cerita ini tidak pernah dikutik-kutik, cerita ini serupa dengan kisah perang Bubat dan cerita adipati Ukur yang menyebabkan dendam sejarah antara suku Sunda dan Jawa yang tujuannya adalah jelas agar rakyat Sunda mendapat musuh abadi, kisah yang sama dipakai untuk mencegah pengaruh Diponegoro di Jawa Barat, modusnya adalah adu domba. Lalu kisah makam yang terbelah juga tidak masuk akal karena makam kotagedhe dibangun oleh kerabat Hamengkubuwono II dan III, bukan sejak Ki Ageng Mangir wafat

7. Sebagai pahlawan Mataram Roro Pembayun yang telah mengandung anak Ki Ageng Mangir , diungsikan ayahandanya ketempat kakeknya Ki Penjawi di bumi Pati, kelak anak itu lahir sebagai Ki Lurah Bagus Wanabaya yang bersama ibundanya sempat berguru kepada Pangeran Benawa bin Joko Tingkir di Kendal, putra Ki Ageng Mangir ini juga seorang veteran perang yang bertempur melawan VOC di Jepara 1618 bersama Tumenggung Bahurekso dan sahabatnya Ki Kartaran atau Ki Jepra (dimakamkan di Kebun Raya Bogor) selanjutnya ikut berperang dengan VOC Batavia sebagai komandan tentara Sandi Mataram di Batavia 1620 - 1629. Keberhasilan unitnya membunuh Jan Pieter Zoen Coen gubernur Jendral VOC dan mempersembahkan kepala JP Coen kehadapan Sultan Agung melalui Panembahan Juminah mampu menghentikan niat Sultan Agung menghajar kembali Batavia, dan memusatkan usahanya membangun kejayaan Mataram, terbukti hingga wafatnya Sultan Agung di tahun 1645, VOC Belanda tak pernah berani berperang dengan Mataram. Para Trah dan keluarga Mataram terus menerus melindungi dan memelihara silaturahmi dengan para keturunan Mangir yang bermuara pada Roro Pembayun. Pada kenyataannya para keturunan Ki Ageng Mangir banyak berperan dalam membantu eksistensi kerajaan Mataram pada abad berikutnya, bahkan sampai abad modern ini,

8. Bahwa peninggalan Ki Ageng Mangir di Mangiran berupa lingga yoni, candi dan sebagainya tidak serta merta menyatakan bahwa Ki Ageng Mangir masih Hindu setelah menjadi menantu Panembahan Senopati, Sebab seperti kebanyakan keturunan Prabu Brawijaya Ki Ageng Mangir akhirnya masuk Islam, hanya kenapa keislaman Mangir ini ditutup tutupi oleh cerita sejarah yang cenderung tendensius menyudutkan Panembahan Senopati sebagai raja Islam Mataram pertama diwilayah Jawa Tengah bagian selatan. Pertanyaan inilah yang harus kita jawab, ada apa dengan upaya menutup - nutupi pengislaman mangir di abad 17 ini dengan sebuah babad karangan anonim ?

9. Trah Mangir mempunyai ciri ciri yang ambigu atau mendua namun selalu mengambil jalan keras saat memutuskan untuk bertindak, ciri trah juga selalu menjadi tokoh pemberontak yang teguh dan kemampuan olah pikir atau olah seni yang sangat mumpuni : lihat saja jejak Trah Mangir seperti Untung Suropati, Pramudya Ananta Tur, Raden Saleh,  SM.Kartosuwiryo atau bahkan Basuki Abdullah yang meninggal secara tragis ditikam seorang maling amatir yang kepergok Basuki Abdullah saat mencuri dirumah pelukis ternama itu, kebanyakan Trah mencantumkan nama nama bangsawan atau pahlawan sebagai kebanggan, trah Mangir menyembunyikan perjuangan dan jatidiri , persis seperti pengorbanan Ki Ageng Mangir.